1999 yılında Türkiye, sınır bölgelerindeki terör tehditleriyle mücadele ederken, başarılı bir savaş pilotu olan Yüzbaşı Ali Aksoy, gizemli bir operasyonun başına getirilir: "Kara Gökyüzü Operasyonu." Ancak görev, beklenmedik bir sorun nedeniyle felakete dönüşür; Ali ve ekibi kaybolur ve ardında hiçbir iz bırakmaz. Resmi raporlara göre, Ali artık "kayıp" bir askerdir. Fakat onun kaybolması, ailesinin hayatını alt üst eder. Küçük kızı Lara, yıllar boyu babasının geri dönmesini beklerken, karanlık sırlarla dolu bir geçmişin pençesinde sıkışıp kalır.
25 yıl sonra, Lara, babasının izinden giderek başarılı bir savaş pilotu olmuştur. Ancak kaybolan babasının peşine düşerken, geçmişin gölgeleri yalnızca ailesini değil, ülkenin güvenliğini de tehdit etmeye başlamıştır. Babasının kaybolduğu operasyonun ardındaki sırlar ve uluslararası bir tehlike yeniden su yüzüne çıkarken, Lara`nın kararlılığı sınanır. Görevine yardımcı olan gizemli ajan Kerem, Lara`ya babasının kaybolmasına dair derin sırları ve komploları keşfetme fırsatı sunar. Fakat Kerem`in de bu olayların bir parçası olduğu ve geçmişinin Lara`nın babasıyla bağlantılı sırlar taşıdığı ortaya çıkar.
Lara, bir yandan gökyüzünde ölümle burun buruna gelirken, bir yandan da babasının kaybolmasının ardındaki hain komplonun gerçeklerini ortaya çıkarmak için mücadele eder. Kayıp bir askerin hikayesi, şimdi onun kaderini de şekillendirmek üzeredir.
"Kara Gökyüzü Operasyonu," ihanet, cesaret ve keşif dolu bir yolculuk. Geçmişle yüzleşmek ve geleceği kurtarmak için verilen mücadele, okuyucuları adrenalin dolu bir serüvene davet ediyor.