Yüzyıllar boyunca Aetheryn`in krallıkları, kırılgan bir denge içinde varlığını sürdürdü. Eldervale`in kutsal ormanlarından Pyraxis`in alevlerle kavrulan topraklarına, Glaciera`nın sonsuz buzlarına ve Stormrend`in öfkeli denizlerine kadar uzanan bu dünya, elementlerin gücü sayesinde ayakta kaldı. Herkes bu dengenin sonsuza dek süreceğine inanıyordu. Yanılıyorlardı. Önce yaşam solmaya başladı. Ardından anılar silikleşti. Ve karanlığın derinliklerinden yükselen fısıltılar, unutulması gereken bir gerçeği yeniden uyandırdı. Geçmişin küllerinden doğan o güç, yalnızca krallıkları değil; insanların inançlarını, dostluklarını ve kaderlerini de parçalamaya hazırlanıyordu. Şimdi ise birbirinden tamamen farklı beş genç, hiç bilmeden aynı kaderin iplerine bağlanıyor. Kimi doğuştan sahip olduğu güç yüzünden yargılanacak. Kimi sevdiklerini korumak uğruna her şeyinden vazgeçecek. Kimi ise, kurtuluş sandığı şeyin aslında felaketin ta kendisi olduğunu çok geç anlayacak. Çünkü bazen bir dünyayı yok oluşa sürükleyen en büyük tehdit karanlığın kendisi değildir. Kaybedileni, ne pahasına olursa olsun geri getirme arzusudur.

Alexander Mercer öldü. James Heller ise geride kalan virüsü tamamen yok etmek için Blackwatch ile iş birliği yapmayı kabul etti. Ancak bu ortaklık, Blackwatch’ın ihanetiyle sona erdiğinde New York bir kez daha salgının merkezine dönüştü. Şehirden kaçmaya çalışan binlerce insandan biri olan on iki yaşındaki Jarvis, terk edilmiş bir bölgede canlı bir viral koloniyle temas eder. Başlangıçta hastalık sandığı belirtiler, kısa süre içinde vücudunun insan sınırlarının ötesinde yeniden şekillendiğini gösterir. Ailesiyle birlikte Amerika’dan kaçmaya çalışırken Jarvis’in bilmediği tek şey, salgından uzaklaşmadığıdır. Onu yanında götürmektedir. Prototype 2 sonrasında geçen; canon karakterler ile özgün bir ana karakteri bir araya getiren bir fan kurgudur. Prototype evreni ve canon karakterler Activision ile Radical Entertainment’a aittir. Jarvis ve hikâyeye eklenen özgün unsurlar yazara aittir.